Kuyu suyu, şebeke suyundan farklı olarak hiçbir ön işlemden geçmeden doğrudan yer altından alınır. Bu nedenle içeriği bölgeye, kuyu derinliğine ve mevsime göre değişir; aynı kuyudan farklı zamanlarda alınan iki numune arasında bile fark olabilir. Doğru arıtma kurgusu tahminle değil, tam su analiziyle başlar: bulanıklık, demir, mangan, arsenik, nitrat, sertlik, iletkenlik ve mikrobiyolojik parametreler birlikte değerlendirilmelidir.
İlk adım kaba filtrasyondur. Kum ve çakıl gibi askıda katı maddeler multimedya (kum) filtreleriyle tutulur; bu kademe atlanırsa sonraki tüm ekipmanlar erken tıkanır. Tat ve kokuyu bozan organik maddeler ile serbest klor için aktif karbon filtresi kullanılır. Suda demir ve mangan varsa bu iyonlar önce oksitlenip çökeltilir ve özel bir demir-mangan giderme filtresinde tutulur; aksi hâlde su havayla temas ettiğinde sarı-kahverengi renk verir ve yüzeylerde leke bırakır.
Sertlik yüksekse yumuşatma, çözünmüş tuz ve iletkenlik yüksekse ters osmoz devreye girer. Arsenik gibi sınır değeri düşük parametreler için özel adsorpsiyon medyaları veya membran uygulamaları gerekir. Bu kademelerin sırası en az kendileri kadar önemlidir: her ünite, kendisinden önceki adım tarafından korunacak şekilde konumlandırılır. Yanlış sıralanmış bir hat teknik olarak çalışıyor görünse bile sarf malzeme ve bakım maliyetini katlar.
Son adım dezenfeksiyondur. Kuyu suyunda mikrobiyolojik risk her zaman vardır; hattın sonunda UV dezenfeksiyon ya da klorlama ile bu risk kontrol altına alınır. Kurulum sonrasında su kalitesinin periyodik izlenmesi, filtre geri yıkama sıklığının kayıt altına alınması ve yılda en az bir kez tam analizin tekrarlanması, sistemin ilk günkü performansını koruması için gereklidir.
